[2026 세법개정안] 대기업 통합고용세액공제 제외…기업 인력유지 지원체계 재편

중소·중견기업 중심 고용세제 지원 재편

육아휴직 복귀자 추가공제 적용기한 종료

행복한 일터 인증 연계 세제지원 신설

구윤철 부총리 겸 재정경제부 장관이 지난달 30일 세종시 정부세종청사 중앙동 브리핑룸에서 열린 ‘2026년 세제개편안’ 상세브리핑에서 모두발언을 하고 있다. ⓒ재정경제부

기업의 고용 확대와 인력 유지를 지원하던 세제혜택이 중소·중견기업 중심으로 재편된다. 대기업은 통합고용세액공제 대상에서 빠지고 일부 고용유지·장기재직 지원은 종료되거나 범위가 축소된다.

정부는 3일 이같은 내용이 포함된 ‘2026년 세제개편안’을 발표했다. 기업 대상 고용 세제지원의 적용 대상을 좁히는 대신 지방 고용과 근로환경 개선 등 정책 목적을 강화하는 내용이 담겼다.

대기업 고용공제 제외…육아휴직 복귀자 추가공제 종료

통합고용세액공제는 고용 증가 인원에 따라 기업의 소득세·법인세를 공제하는 제도다. 현재 대기업과 중견·중소기업이 적용 대상이지만 이번 개편안에서 대기업은 제외됐다.

정부는 고용 여건과 지원 실적을 고려해 지원 대상을 중소·중견기업에 집중한다는 방침이다. 일반 근로자보다 청년·장애인·60세 이상·경력단절근로자 등 취약계층을 채용하면 높은 공제액을 적용하는 기본 구조는 유지한다.

육아휴직을 마치고 복귀한 근로자에 대한 추가공제는 적용기한을 연장하지 않는다. 대신 고용노동부가 2027년 시행할 예정인 ‘행복한 일터 인증제’와 연계한 세제지원을 신설할 계획이다.

재정경제부 관계자는 “고용 여건과 지원 실적 등을 감안해 통합고용세액공제 대상기업을 합리화하려는 것”이라며 “중소·중견기업 중심으로 지원하고 ‘행복한 일터 인증제’와 연계한 세제지원도 마련할 예정”이라고 말했다.

근로시간 단축이나 일자리 나누기로 고용을 유지한 중소기업 등에 적용하던 과세특례도 종료한다.

현행 제도는 기업에 임금감소액의 10~15%를 법인세에서 공제하고, 임금이 줄어든 근로자에게는 감소액의 50%를 소득에서 공제한다. 정부는 제도의 활용도와 실효성이 낮다고 보고 적용기한을 연장하지 않기로 했다.

근로자의 임금을 직전 3년 평균 증가율보다 많이 올린 기업에 주는 근로소득 증대 세액공제도 현행 적용기한인 2028년 말까지만 운영한다. 초과 임금증가분의 10~20%를 공제하는 제도로, 이번 개편에서는 추가 연장 없이 종료 방침을 명시했다.

중견기업 장기재직 혜택 축소…지방기업은 고용조건 강화

중소·중견기업 근로자의 장기재직을 유도하는 핵심인력 성과보상기금 세제지원은 중소기업 중심으로 축소한다.

현재 중소·중견기업 근로자가 내일채움공제 등 성과보상기금에 3년 이상 가입한 뒤 만기공제금을 받으면 기업이 낸 기여금에 대해 소득세를 감면받는다.

청년 근로자는 중소기업에서 90%, 중견기업에서 50%를 감면받고, 청년 외 근로자는 각각 50%와 30%를 감면받는다. 개편안은 감면 대상에서 중견기업 근로자를 제외한다.

재경부 관계자는 “제도 수혜 대상을 중소기업 근로자에게 집중하려는 조치”라며 “중소기업의 핵심인력 유입과 장기재직이라는 제도 본연의 목적을 강화할 것”이라고 말했다.

지방 이전·특구 입주 기업에 대한 세제감면은 실제 투자와 고용으로 이어지도록 요건을 강화한다.

기업은 감면받은 세액의 30% 이상을 이전지역의 투자와 연구개발, 고용, 상생협력 출연 등에 사용해야 한다. 해당 금액을 지역에 환류하지 않으면 감면세액을 추징한다.

감면을 받으면서 고용을 줄이거나 이전 요건을 충족하지 못한 기업은 특례 적용이 제한된다. 반대로 투자와 고용이 많을수록 감면 한도가 커지도록 제도를 설계했다.

재경부 관계자는 “감면세액 가운데 30% 이상을 이전지역에 다시 쓰도록 환류 체계를 마련했다”며 “세제혜택이 명목상 지방 이전에 그치지 않고 지역 투자와 고용으로 이어지도록 사후관리도 강화한다”고 말했다.

구윤철 부총리 겸 재경부 장관은 “이번 세제개편안은 잠재성장률 반등을 위한 지원 방안과 서민·중산층, 청년, 지방 등 민생안정 지원 방안을 최대한 충실히 반영하고자 했다”며 “국민 의견을 열린 마음으로 경청하고 조세 제도가 공정하고 합리적으로 운용되도록 필요한 과제를 지속해서 추진하겠다”고 말했다.