국세청, 올해부터 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도 시행

세액공제 여부 사전심사 운영…홈택스·우편·방문접수 신청

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 흐름

국세청이 올해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다.

이를 통해 세무상 불확실성을 해소하여, 기업이 연구·인력개발 활동에만 전념할 수 있도록 지원한다는 취지다.

연구·인력개발비 세액공제는연구소를 운영하거나 타 기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상금액을 차감하는 조세지원 제도로, 기업 입장에서 조세 절감효과가 큰 반면, 세액공제 해당여부나 공제 가능금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중의 하나다.

때문에 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생하기 때문에 납세자에게 큰 부담이 될 수도 있다.

국세청이 이를 완화하기 위해 납세자가 신청하는 경우 올해부터 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다.

신청은법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 가능하며, 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구·수정신고·기한 후 신고 전까지 가능하며, 연구·인력개발비 사전심사 신청서와 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류를 제출해야 한다.

신청방법은연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스·우편·방문접수를 통해 신청 가능하다.

이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있으며 금액제한은 없다.

사전심사는 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고가 가능하다.

심사는 신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지, 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부를 검토하며, 서면심사를 원칙으로 진행된다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세처분 된 경우 과소신고 가산세가 면제된다.

단 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계의 변경·누락·탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.